Miejscowość Koty oraz inne, sąsiednie miejscowości, to stare osiedla hutnicze, gdzie od średniowiecza aż do połowy XIX w. czynne były piece wytapiające żelazo. Niektóre z osad noszą do dziś swą nazwę po dawnych, średniowiecznych właścicielach. Nazwa Koty wywodzi się od człowieka nazwiskiem Kot, który posiadał w wiekach średnich taki właśnie zakład. Pod względem administracji kościelnej teren wsi należał do starej parafii Wielowieś, a Koty posiadały swój kościół filialny, zbudowany prawdopodobnie ok. roku 1530.
Podobnie jak wiele innych kościołów regionu, świątynia w Kotach w XVI i XVII wielu przez jakiś czas znajdowała się w rękach luteranów. Drewniany kościół świętych Piotra i Pawła rozebrany został w roku 1714, po wzniesieniu nowej świątyni. Obecny kościół zobowiązał się wybudować już wcześniej hrabia Jan Franciszek Verdugo. Zamiar taki powziął w roku 1687, gdy rozpoczął starania o utworzenie odrębnej parafii kotowskiej. Drewniany, XVI-wieczny obiekt chylił się zresztą wówczas ku ruinie. Hrabia zwlekał z budową, aż w roku 1712 zaskoczyła go śmierć. Dopiero jego synowie, Leopold i Zygfryd Verdugo, spełnili zapisaną w testamencie wolę ojca, budując w 1714 nową świątynię z kamienia i z cegieł. Barokowy kościół świętych Piotra i Pawła posiadał jednak wady budowlane, co sprawiło, że po kilkunastu latach jego mury zaczęły pękać, stwarzając groźbę zawalenia się sklepienia.
Przez pewien czas (w latach 1763-74) obiekt był nieczynny, do czasu gdy hrabia Franciszek Józef Colonna dokonał gruntownego remontu oraz wzmocnienia budowli zewnętrznymi przyporami. W roku 1823 remontowi poddano wieżę, uroczyście wieńcząc ją krzyżem w obecności wielkiej rzeszy wiernych. Rok 1882 przyniósł powiększenie starego, przykościelnego cmentarza, który ogrodzono murem. Kolejne remonty świątyni odbywały latach 1883, 1907-1908, 1922, 1931, 1959, 1964. Ten ostatni miał związek z jubileuszem 250 lat istnienia kościoła. Odnowiono wówczas także zabytkowe ołtarze boczne.