Założyciel ogrodu, Fritz Berckling, zatrudniony został przez władze miejskie w 1928 r. jako dyrektor Miejskiego Zarządu Zieleni. Do jego zadań należało nadanie miastu nowego wizerunku „fabryk w zieleni”. Zaplanowane, ambitne przedsięwzięcie, odłożono czasowo z powodu Wielkiego Kryzysu lat 1929–33, po czym kontynuowano za czasów rządów narodowych socjalistów. Fritz Berckling był twórcą wielu ówcześnie istniejących w Zabrzu założeń wielkomiejskiej zieleni: parków i placów. Pod „Centralny Ogród Szkolny” mający być wzorcowym ogrodem botanicznym niemieckiej części Górnego Śląska, wybrano teren cegielni obok kompleksu sportowego oddanego do użytku w 1933 roku. Projekt Bercklinga powstał w 1936. Ogród, na planie nieregularnego czworoboku o powierzchni około 3 ha, miał docelowo pokazać rośliny rosnące na obszarze ówczesnych Niemiec, a przez to być zapleczem dydaktyczno-badawczym dla uczelni. Powierzchnię podzielono na cztery części: leśno-edukacyjną, systematyczno-użytkową, krajobrazową i gospodarczo-ogrodniczą. Od września 1937 roku przystąpiono do sadzenia drzew i krzewów, przeprowadzając większość prac do 1938, gdy już pod koniec czerwca otwarto ogród dla publiczności. Później, do września 1939, wzniesiono szklarnie, w których możliwa stała się uprawa większości roślin tropikalnych i śródziemnomorskich. W tutejszej palmiarni zachwycał zwiedzających m.in. ogromny bananowiec. Cięcia budżetowe, związane z niekorzystnym dla Niemiec obrotem spraw na frontach II wojny, przerwały rozwój ogrodu. W 1945 roku spora część ogrodu była zdewastowana. W latach 1947–1953 założenie powiększono, przyłączając doń dodatkowe 2 ha. W roku 1957 sporządzono pierwszy po II wojnie światowej wykaz roślin ogrodu, które ponownie oznakowano. W 1960 przyłączono do niego kolejne tereny. Odtąd powierzchnia Miejskiego Ogrodu Botanicznego wynosi ok. 6,5 ha.